Die Kriege Napoleons in Deutschland führten 1801 zum Frieden von Lunéville und 1802/03 zur Reichsversammlung in Regensburg. Im Friedensvertrag von Lunéville mußten große linksrheinische Gebiete des deutschen Reiches an Frankreich abgetreten werden. Die betroffenen Fürsten forderten für den Verlust entschädigt zu werden. Dies geschah durch die Auflösung der kirchlichen Staaten und Klosterbesitz (Säkularisation).

Die Vereinbarung der Reichsversammlung ist als "Reichsdeputationshauptschluß" bekannt. Auf Grund des § 25 dieses Vertrages wurde das Kurfürstentum Mainz, zu dem Zeilsheim viele Jahrhunderte gehörte, aufgelöst. Auch die Kurfürstentümer Trier und Köln, die ebenfalls von Erzbischöfen regiert wurden, erlitten das gleiche Schicksal. Das Oberamt Höchst und die Amtsvogtei Hofheim mit Zeilsheim wurden dem Fürsten von Nassau-Usingen zugesprochen. 1806 vereinigten die Fürsten von Nassau-Usingen und Nassau-Weilburg ihre Länder zu einem gemeinschaftlich regierten Herzogtum Nassau

Herzogtum Nassau

1866 nahm Nassau auf der Seite Österreichs am Krieg gegen Preußen teil. Nach der Niederlage wurde das Herzogtum und auch die freie Stadt Frankfurt von den Siegern annektiert.

Nassau bildete nun von 1866 bis 1918 den Regierungsbezirk Wiesbaden der preußischen Provinz Hessen-Nassau.

Fast tausend Jahre waren die Zeilsheimer mainzisch gewesen, nur 63 Jahre nassauisch und schließlich preußisch. Bei den Muß-Preußen machte sich die Unzufriedenheit mit den neuen Landesherren in folgendem Vers Luft:

"Die Preußen haben`s Geld gestohlen,
den Bismarck soll der Teufel holen."

Die Einwohnerzahl in der nassauischen Zeit entwickelte sich nur langsam. Im Jahre 1826 wohnten in Zeilsheim 349 Menschen, 1866 wurden 443 Einwohner gezählt.